Ob von Regensburg, Amberg, Weiden, Passau oder Straubing kommend immer steht beim Eintritt in den Landkreis Cham eine Stele am Straßenrand, auf der eine doppeltürmige Kirche dargestellt ist. Dabei handelt es sich um das Wappen des Landkreises Cham, das in stilisierter Form die Kirche von Chammünster, der Urpfarrei des Oberen Bayerischen Waldes, darstellt.
Zwei Jahreszahlen stehen am Anfang der Kirchengesschichte von Chammünster: 739 stiftet der Bayernherzog Odilo (Oatilo) etwa 50km² aus seinem Herzogsgut dem Domkloster St. Emmeram in Regensburg. Dies mag so etwas wie die "Morgengabe" des Herzogs an den Abtbischof und die neugegründete Diözese gewesen sein. Daraufhin kommen Mönche von St. Emmeram und gründen die "cella ad chambe", das Klösterlein an dem Chamb. 819 ist Bischof Baturich mit einem großen Gefolge in Chammünster, um in einer Pireisa (Umritt) den rechtlichen Bestand der Klosterstiftung gegen die "Janahofleute" zu sichern. Die Urkunde über den Umritt ist die älteste bekannte in der Oberpfalz. Die Mönche der "cella" lebten nach der Regel des Hl. Benedikt (Gebet und Arbeit), missionierten und kultivierten die "commarca" und waren sicherlich - zumindest ab etwa 800- in die Missionierung Böhmens, mit der das Domkloster beauftragt war, mit einbezogen. So scheint die Annahme berechtigt, dass Chammünster der vorgeschobene Missionsposten war. Daneben wird als Absicht des Stifters wohl auch die Funktion als Versorgungsstation für Durchreisende in Frage kommen.
Nachdem die Böhmenmission mit der Gründung der Diözese Prag abgeschlossenw ar, holt Bischof Wolfgang die Mönche nach Regensburg zurück und nimmt Chammünster als eine ihm "inkorporierte Pfarrei" an sein Hochstift, so dass Wolfgang und seine Nachfolge kirchenrechtlich Pfarrer von Chammmünster waren. Von dem, was wir in Chammünster an Kunst bewundern können, stammt mit Ausnahme einer "umfunktionierten" karolingischen Säule nichts mehr aus der Klosterzeit. Die erste Kirche mag - wie damals üblich- noch eine Holzkirche gewesen sein. Sie ist möglicherweise bei einem der Ungarneinfälle um 910 zerstört worden.
Eine zweite Kirche, wohl in romanischen Stil, wurde sicherlich von Regensburg aus erbaut. Ob Bischof Wolfgang dabei stiftend tätig war, muss offen bleiben, ist aber auch nicht von der Hand zu weisen. Die Reste einer gotischen Glasmalerei mit der Jahreszahl 1476 - bei Schuegraf und im Denkmalband überliefert - mit einem Text, der im letzten Fenster des südlichen Seitenschiffes noch zu sehen ist, lassen die Vermutung zu. Diese romanische Kirche wurde, wie mit einiger Sicherheit gesagt werden kann, durch König Ottokar II. von Böhmen zerstört. Er hat auf seinem Kriegszug nach Regensburg zahlreiche Kirchen und Klöster entlang des Regentals in Flammen aufgehen lassen.
1260 wurde die Pfarrei Chammünster von Bischof Albert II. (dem Großen und Heiligen) auf das Domkapitel übertragen. Das Kapitel kann also in der Folgezeit nicht nur die Einkünfte dieser weitlöufen und gut situierten Pfarrei beziehen, sondern ist auch für die seelsorgerische Betreuung und die Baulast voll zuständig. Ursprünglich gehörte dieser Urpfarrei alles Land zwischen Blaibach und Schönthal mit einer weten Grenze zu Böhmen. Der Vertreter des Bischofs bzw. des Domkapitels führte als Pfarradministrator den Titel "Erzdekan" und gebot über einen großen Teil des Nordgaues, der späteren Oberpfalz.
In der zweiten Hälfte des 13. Jh begann man mit dem Bau der frühgotischen, der dritten Kirche. Die Steinmetzzeichen ergeben, dass die Regensburger Dombauhütte am Werke war. Heute steht davon noch der Chor der Kirche, der Nordturm - der Südliche musste, da ruinös geworden, im 19. Jh. erneuert werden - und der Ansatz des frühgotischen Triumphbogens "erkennbar im Mauerwerk rechts, vor dem jetzigen Triumphbogen). Diese dritte Kirche wurde in den Hussitenkriegen derart ruiniert, dass ein Neubau der dreischiffigen Halle notwendig wurde. Diese vierte, die spätgotische Kirche, errichtete man wohl auf den alten Fundamenten und Säulenstümpfen mit dem vorhandenen Steinmaterial. Der Befund der Steinmetzzeichen lässt diese Annahme zu. Wie die Halle stammen auch die drei Fresken an der Nordwand aus der zweiten Hälfte des 15. Jh.
Bei einer Renovierung 1912 wurden Gewölberippen, Säulen und Wandpfeiler, die früher verputzt oder verschlämmt waren, wieder freigelegt. 1972 erfolgte die letzte gründliche Gesamtrenovierung des Innenraums.